Aby aktywować funkcję magazynu ( funkcja dostępna od planu Standard ) trzeba przejść do menu "Ustawienia" i zaznaczyć pole "Obsługa magazynów" .  Po włączeniu tej opcji, w menu "Produkty" pojawi się nowe menu "Dokumenty magazynowe" w którym można wystawiać  dokumenty PZ, WZ. Również w każdym produkcie pojawi się dodatkowe pole "Ilość sprzedana poza systemem Fakturownia.pl".

Przy włączonej opcji "Magazyny" można dodawać/zmieniać ilość produktów tylko przez operacje magazynowe.

Dodawanie nowego produktu do magazynu odbywa się w dwóch krokach. Najpierw tworzy się odpowiedni dokument magazynowy, a następnie ( po zapisaniu ) wpisuje się nazwę i ilość produktu który się np. dodaje do magazynu.

Dodatkowo przy dodawaniu faktury można określić z jakiego magazynu mają być pobrane produkty wymienione na fakturze (opcja ta jest na dole edycji faktury po rozwinięciu "więcej opcji")